Wennungen hat wahrscheinlich aufgrund seiner Lage an einer Flusswindung der Unstrut seinen Namen erhalten. 786 erfolgte eine urkundliche Ersterwähnung als Wenninge. Der Ort soll noch vor dem Untergang des alten thüringischen Königreichs entstanden sein, darauf verweisen Grabungsfunde. Das Kloster Hersfeld hatte in dieser Region bereits frühzeitig Besitz- und Lehnrechte und auch der Bischof von Bamberg sicherte sich später Rechte in diesem Raum, die noch bis zum Dreißigjährigen Krieg bestanden.

Die Edlen Herren von Querfurt wurden 1450 mit Wennungen belehnt, konnten sich aber nicht lange im Ort halten, sondern verloren ihren Besitz an die in Burgscheidungen ansässigen Adelsgeschlechter. Der Ort selbst unterstand dem Amt Freyburg, das 1815 an das Königreich Preußen fiel.